Первое знакомство египтян с представителями великой мировой религии произошло намного раньше. Благословенная земля приютила знаменитых и почитаемых пророков Авраама, Исаака, Иакова, Моисея, Иеремию. В 14-13 вв. до н.э. в земле Египетской пребывало все племя сынов Израилевых. И, наконец, самое значительное событие — именно в Египте укрылась Святая Семья от преследований жестокого Ирода.
Проповеди св. апостола Марка, одного из учеников Иисуса Христа, были встречены с энтузиазмом не только многочисленной иудейской общиной, но и самими египтянами. Это были времена Нерона, времена падения нравов и идолов. Правящие в Египте наместники цезарей, относились к местному населению только как к источникам процветания Рима, совершенно не учитывая духовную потребность простого египтянина и его стремление к чистоте, идеалу, одухотворенности.
Несмотря на то, что проповедник Марк за открытый протест против языческих обрядов был убит властями уже в 62 году нашей эры в Александрии, его учение прочно вошло в жизнь Египта. Центром новой религии стал теологический колледж в Александрии.
Последователи св. Марка не только проповедовали новое учение, но и внесли значительный вклад в культуру Египта. Так, при тогдашнем руководителе теологического колледжа патриархе Клементе, были переведены на коптский язык Священные Писания. Это не только позволило приобщиться к новому учению большинству египтян (т. к. греческий знали немногие), но и обогатило сам коптский язык и культуру египетского общества. Новый виток преследований христиан при императоре Диоклетиане привел не только к упрочению веры в христианах Египта, но и дал мощный толчок в развитии монашества в катакомбах и пещерах Синая. Только в 313 году, после провозглашения Миланского эдикта императора Константина, христиане в Египте стали свободно проповедовать, отправлять обряды, открыто строить церкви и монастыри.
Однако, теперь настало время внутренних распрей. Один из патриархов Александрии - Арий настаивавший на иной природе Иисуса и Отца (Арианская ересь) продолжал свои еретические проповеди именно в Египте, такова была веротерпимость императора. Основание новой столицы империи - «второго Рима» императором Константином, для египетской Александрии означало уменьшение авторитета последней и «вхождение в политику» христианских патриархов. После того как бывшие в притеснении христиане стали сводить счеты с язычниками, значительно уменьшился моральный авторитет новой церкви. Разрушение Александрийской библиотеки, погромы, убийство женщины-философа Ипатии, бессмысленное уничтожение греческой культуры — все это, в конечном итоге, привело к разрыву с Римской и Византийской церковью и началу нравственного кризиса христианства в Египте. В стране осталась самостоятельная в управлении Коптская церковь.
Настоящим внешним испытанием стало для египетской христианской (коптской) церкви господство персов и арабов-мусульман. Сначала завоеватели практически не вмешивались во внутренние дела церкви и прихожан. Но, начиная с 1250 года (с момента прихода к власти воинственных мамлюков), из-за активной пропаганды ислама и ограничений для христиан, количество последних резко снижается — христиане оказываются в меньшинстве. Сегодня, копты-христиане в Египте составляют не более 10% населения страны.
Нынешняя Коптская ортодоксальная церковь стремится участвовать в жизни Всемирного Совета Церквей и постепенно налаживает контакты и связи с каноническими христианскими учреждениями как на Западе, так и на Востоке. В отличии от остальных христиан (которые верят как в духовное, так и в телесное второе воплощение Иисуса), копты признают второе воплощение Христа только в духовном аспекте (монофизитство).