Так было до того момента, когда в 1567 году царский опричник Борис Годунов, имевший примерно 25 лет от роду, женился на Марии, дочери царского любимца Малюты Скуратова. Ивану IV Борис так пришелся по душе, что грозный государь женил на его сестре Ирине своего среднего сына Федора. Царь настолько приблизил к себе опричника, что в момент убийства Грозным царевича Ивана тот был рядом и пытался даже остановить повелителя. Годунов схватил царя за руку, но получил несколько ударов посохом и долго восстанавливался после полученных ранений.
Чтобы ни говорили о жестокости Ивана Грозного современники и историки, но он сильно тяготился совершенным в порыве гнева сыноубийством. Чтобы хоть как-то погасить душевные муки, царь еще больше приблизил к себе Бориса, единственного, кто попытался предотвратить трагедию. Когда встал вопрос кандидатуры опекуна другого царевича – Федора, то государь без колебаний назначил на эту должность Годунова.
После смерти в 1584 году Ивана Грозного престол занял слабоумный Федор Иванович. А царевича Дмитрия с матерью отправили на поселение в город Углич.
При несостоятельном самодержце власть постепенно прибрал Борис Федорович Годунов, получивший высший титул конюшего боярина. А возможность принимать вместо царя иностранных посланников не имел, кроме Годунова, ни один человек в государстве. В народе он пользовался успехом благодаря своей внешности и уму.
О дальновидности конюшего боярина говорит тот факт, что во время его правления укрепилось влияние русского государства в Закавказье, на Северном Кавказе, среди заволжских народов. Основание северного порта Архангельска более серьезное отношение к волжскому водному пути сделали сношения с иностранными купцами обычным делом для русского торгового люда. На Востоке продолжалось продвижение Руси вглубь Сибири. Предоставляя различные льготы для горожан и дворян, Годунов сделал из них оплот своей власти.
Но 15 мая 1591 года произошло событие, причины которого покрыты тайной до сих пор. В Угличе погиб Дмитрий Иванович. Хотя власти официально объявили, что страдающий эпилепсией царевич сам себя случайно заколол, но в народе прошел слух о вине Бориса Годунова. Ведь у постоянно болеющего Федора наследников не было. Дескать, Борис отдал приказ зарезать царевича, чтобы после смерти последнего самодержца из династии Рюриковичей самому занять престол.
Так оно и случилось. После смерти Федора в 1598 году Земский собор избрал новым самодержцем Бориса Годунова. Но семилетнее правление Бориса Федоровича не принесло ему славы. Разгромив боярскую оппозицию во главе с Романовыми, он вначале укрепил свою власть.
Но в 1601-1603 годах страшный голод унес жизни сотен тысяч людей. Это стало поводом для массовых крестьянских волнений. А тут еще и появился самозванец, объявивший себя выжившим царевичем Дмитрием. Поддерживаемый польским королем Лжедмитрий собрал большое русско-польское войско и пошел на Москву.
13 апреля 1605 года, как раз в самый разгар войны, умирает царь Борис. После этого Лжедмитрий сверг правительство умершего самодержца и вступил в Москву. Некоторые историки утверждают, что Годунов сам покончил с жизнью, приняв яд.