Пресвятая Дева, придя на сороковой день от рождения Спасителя в Божий храм для очищения, то, считается, что именно Захария принял их с Предвечным Младенцем и поставил на месте, предназначенном для дев. После этого книжники постоянно негодовали, но Захария утверждал, что хотя эта Дева и стала Матерью, но быть чистою Девою все же не перестала.
Царь Иудейский – Ирод боялся, что Младенец Христос когда вырастет заберёт его царство, и приказал избить в Иудее всех новорожденных детей. Не позабыл он и об Иоанне, однако убийцы, посланные Иродом не отыскали в доме Захарии святого Иоанна.
Когда в Вифлееме начались ужасные убийства детей, Елисавета взяла Иоанна и спешно отправилась высоко в горы пустыни. Спрятавшись в горах, со слезами святая Елисавета молилась Богу, умоляя Его спасти их. И когда она увидела с гор приближающихся воинов, то взмолилась, обращаясь к каменной скале. Она молила гору Божию укрыть её с ребёнком, и гора сразу же расступилась и приняла младенца и Елисавету внутрь, скрыв их от приближающихся убийц. Таким образом, воины, которые не смогли найти искомого, возвратились назад ни с чем.
После этого Ирод послал оруженосца в храм к Захарии, и велел тому передать, чтобы он отдал ему своего сына. Святой Захария просил передать, что отныне он служит Израилеву Господу Богу, а о местонахождении сына ничего не ведает. Ирод очень сильно разозлился, и вновь послал оруженосца к Захарии, велев передать, что если он не отдаст своего сына, то сам умрет. И явились к нему воины, обозлённые, как звери, и с яростью угрожали ему смертью и спрашивали священника Божия, где тот прячет сына своего. Захария на это спокойно отвечал, что они могут убить лишь его тело, а душа его отправится к Господу. Убийцы тут же исполнили повеление царя Ирода, напали яростно на Иоанна и убили его между алтарем и церковью. Кровь, которая была пролита в этот момент, впиталась и навсегда осталась на мраморе, чтобы быть вечным свидетельством преступления Ирода.
В то время Елисавета, спрятанная вместе с Иоанном Богом, находилась в расступившейся горе. В ней образовалась для них пещера по Божьему повелению, вблизи которой появился источник, а также проросла финиковая пальма с плодами. Таким образом они смогли пережить трудное время.
Когда прошло сорок дней после расправы над Захарией, в пещере преставилась святая Елисавета. С той поры святой Иоанн был окружён опекой ангела до совершеннолетия, оберегаемый до дня явления израильскому народу. Вот так оберегала и прятала святого Иоанна рука Божия.